Jan Willem Gorter studeerde geneeskunde aan de Universiteit van Amsterdam. Hij promoveerde in 1999 en voltooide de opleiding tot revalidatiearts in 2000 in Utrecht. Tot 2008 werkte hij als kinderrevalidatiearts in het WKZ en bij De Hoogstraat Revalidatie.
In 2008 verhuisde hij naar Hamilton en bekleedde daar de positie van associate professor en vanaf 2014 professor bij Department of Pediatrics and the School of Rehabilitation Science aan McMaster University Hamilton, Canada. Hij is medisch hoofd van de kinderrevalidatie, maakt deel uit van het MT van de afdeling Revalidatie, Fysiotherapiewetenschap en Sport, UMC Utrecht en het Kenniscentrum Revalidatiegeneeskunde Utrecht. Tevens is hij als gasthoogleraar verbonden aan de McMaster University.